A morte do pastor Anderson do Carmo, em 2019, e a prisão de Flordelis em 2021, decretaram o fechamento da última igreja fundada pela cantora gospel e administrada pelo pastor. Antes destes acontecimentos, os dois pastores tinham, além da sede, cinco filiais. Além disso, um novo templo estava sendo construído.
O Ministério Flordelis, em junho de 2019, mergulhou em uma crise que chegou ao seu ápice quando Flordelis foi para trás das grades, acusada de mandar matar Anderson.
O pastor, inclusive, era o principal administrador dos templos, mas a sua morte caiu como uma bomba no Ministério. A morte repentina, as histórias contadas aqui e as prisões, levaram embora não apenas fiéis, como também pastores, alguns do próprio núcleo familiar e com importantes funções nas igrejas.
Aos poucos, as filiais no Jardim Catarina, em São Gonçalo; Pendotiba e Piratininga, em Niterói; em Itaboraí e Itaipuaçu, em Maricá, foram encerrando as atividades. Por último, fechou a sede.
Segundo portal IG, com o fim dos cultos, os pastores migraram para outras igrejas em suas regiões de atuação ou fundaram novos templos, levando consigo parte dos fiéis que frequentavam o Ministério Flordelis.
O último a fazer esse movimento foi Gerson da Conceição, o Gerson Baiano, considerado filho pela ex-deputada. Depois, abriu sua própria igreja, a Comunidade Evangélica Manassés, que fica a cerca de um quilômetro da antiga sede.
Outro filho afetivo de Flordelis, Carlos Ubiraci contou com a ajuda da mulher para fundar uma nova igreja enquanto estava atrás das grades, também acusado de envolvimento na morte de Anderson. Até ser preso, em agosto de 2020, Carlos era o responsável pela filial de Piratininga. Ele também havia se tornado presidente do Ministério Flordelis. No fim daquele ano, rompeu com a pastora após a mulher e as filhas terem sido expulsas da casa da família.
Em setembro de 2021, foi fundado o Ministério Yeshua, em Piratininga, com a participação de antigos membros do Ministério Flordelis. Em maio deste ano, ao ser absolvido da participação na morte de Anderson, Carlos assumiu as pregações na nova igreja, da qual é presidente.
Em depoimento à polícia, Flordelis afirmou que suas igrejas chegaram a ter receita de mais de R$ 2 milhões mensais em 2018, valor do qual ela afirmou só ter tomado conhecimento após o crime. As despesas também eram altas, uma vez que todos os templos funcionavam em imóveis alugados.
Além disso, a família gastava altas quantias com a construção de uma nova sede no Laranjal, em São Gonçalo, um projeto principalmente do pastor Anderson. O local abrigaria cinco mil fiéis. A obra foi assumida por outro pastor, Leonardo Sale, da Catedral IPTM, que abriu uma filial no local.